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Test CRISPR-FDA, Anticorpo SARS e albero genealogico

Laaffidabilità è uno dei requisiti base sul quale i laboratori (e la Sanità) definiscono il concetto di test “diagnostico”. Non è un concetto da poco: è l’opposto degli “esamifici” e andrebbe costantemente ricordato a chi sanitario non è ma, in ogni caso, prende decisioni. 91 Kit negli Usa sono in attesa di approvazione presso la “Food and Drug Administration”, proprio a garanzia della bontà del prodotto “test COVID”. Riveste quindi una doppia valenza l’approvazione FDA (non emergenziale) del primo metodo analitico, basato sulla tecnologia CRISPR, per COVID-19.

Test CRISPR. Grazie alle procedure attivate in seguito alla pandemia, la FDA statunitense ha approvato un nuovo test per il rilevamento di SARS-CoV-2, nel materiale prelevato tramite tampone naso-faringeo. Oltre 60 test, attualmente in uso, utilizzano le tecniche di amplificazione del materiale genetico (PCR). Il nuovo metodo (Sherlock-Biosciences) sfrutta la tecnica messa a punto da uno dei pionieri di CRISPR, Feng Zhang, del Broad Institute del “MIT and Harvard” in Cambridge, Massachusetts.

Rispetto ai test in uso, il nuovo kit dovrebbe consentire risultati più rapidi (in un’ora, secondo l’azienda produttrice), potenziando le capacità di analisi dei tamponi. La stessa ha inoltre dichiarato di essere al lavoro su una procedura che possa essere eseguita a casa, dal singolo paziente. E’ ancora allo studio e dovrà essere validato e sottoposto ad autorizzazione commerciale. Già nel 2017 Feng era riuscito a sfruttare la capacità del sistema CRISPR-Cas13a di individuare brevi sequenze di materiale genetico, per mettere a punto due test diagnostici per Zika e Dengue.

Anche altri laboratori stanno lavorando su analoghi dispositivi per individuare la presenza di SARS-CoV-2. Nella grave crisi globale che stiamo vivendo, la capacità di evidenziare tempestivamente i nuovi casi (perché possano essere isolati e sottoposti a terapia) e tracciare i loro contatti stretti, rappresentano elementi essenziali della risposta sanitaria. Molti Paesi stanno affrontando difficoltà tecniche nel condurre tutti i test necessari, per mancanza di materiali, strumenti, personale e reagenti. Ogni nuova tecnica che possa rendere più semplici, rapide e affidabili le procedure di accertamento della positività dei pazienti, può favorire una svolta nel controllo della pandemia.

Prognosi. L’esito dell’infezione da COVID19 si potrebbe definire già nei primi 10-15 giorni dal contagio e questo può dipendere dall’esposizione virale, dalla debolezza immunitaria o da uno sforzo fisico intenso, nei giorni dell’incubazione. Secondo un modello del “ISS”, l’esito dell’infezione dipende dal bilancio tra la dose cumulativa di esposizione virale e l’efficacia della risposta immunitaria innata locale.

Le componenti attive sono gli anticorpi IgA e IgM (presenti nella saliva e nelle secrezioni delle mucose delle vie aeree superiori). Il virus può superare questo primo round se:

a) l’immunità innata è debole: questa condizione si realizza in molti anziani e in soggetti privi di anticorpi per difetti genetici;
b) l’esposizione cumulativa al virus è enorme: condizione che si realizza per es. tra medici e operatori sanitari, che hanno curato molti pazienti gravi, senza le opportune protezioni;
c) si compie un esercizio fisico intenso e/o prolungato, con elevatissimi flussi e volumi respiratori, proprio nei giorni di incubazione immediatamente precedenti l’esordio clinico della malattia, facilitando così la penetrazione diretta del virus nelle vie aeree inferiori e negli alveoli e riducendo fortemente il ruolo degli anticorpi neutralizzanti presenti nelle alte vie.

Mappatura. Su Science è stato pubblicato il primo studio sull’interazione di un anticorpo umano (recuperato dal sangue di un sopravvissuto all’epidemia di SARS) con il nuovo coronavirus. L’anticorpo è stato prodotto in risposta a un’infezione da SARS (sindrome respiratoria acuta grave), causata dal virus SARS-CoV, ma reagisce in modo crociato con il nuovo coronavirus ‘cugino’ SARS-CoV-2, causa nella pandemia in atto.

Il nuovo studio è incentrato su un anticorpo anti-Sars-CoV chiamato originariamente CR3022, isolato nel 2006 dalla società farmaceutica olandese Crucell Holland B.V.. Il lavoro è frutto della collaborazione tra autori dell’Università di Hong Kong e dello Scripps Research Institute di La Jolla, noto per i pionieristici studi strutturali sugli anticorpi collegati ai virus HIV e influenzali.

Il sito di legame virale non è normalmente accessibile agli anticorpi. Gli autori hanno scoperto che questa regione è di solito nascosta all’interno del virus e viene esposta solo quando quella parte cambia la sua struttura, come farebbe con un’infezione naturale.  La conoscenza di siti conservati come questo può aiutare nella progettazione di vaccini e terapie contro la SARS-CoV-2, proteggendo anche da altri coronavirus, compresi quelli che potrebbero emergere in futuro.

Albero Genealogico. L’ origine di SARS-CoV-2 ha diviso politici e commentatori, ma gli scienziati non hanno dubbi sulla “fonte naturale”. I dati genetici suggeriscono che questo microrganismo si sia ‘nascosto’ per decenni in natura. A sottolinearlo è David Cyranovski, su ‘Nature’, che in un corposo articolo ricostruisce l’albero genealogico del virus, andando indietro nel tempo fino a 140 anni fa. Il nuovo coronavirus “condivide il 96% del suo materiale genetico con un virus trovato in una grotta nello Yunnan, in Cina, abitata dai pipistrelli (bat).

Ma c’è una differenza cruciale: il virus del pipistrello dello Yunnan non sembra infettare le persone. Quindi, negli ultimi 40-70 anni, gli antenati di SARS-CoV-2 si sarebbero separati dalla versione dei pipistrelli. Citando numerosi studi, la rivista indaga sulle varie caratteristiche che avrebbero permesso al virus della Covid-19 di infettare così efficacemente le cellule umane. Questi risultati suggeriscono “una lunga storia familiare, con molti rami” dell’albero genealogico del coronavirus, localizzati nei pipistrelli e possibilmente nei pangolini (come ospiti intermedi) ed alcuni ‘cugini’, che potrebbero avere capacità sovrapponibili di causare una pandemia.

Tra le conferme quella di Rasmus Nielsen (biologo evoluzionista all’Università della California- Berkeley) che sottolinea la necessità di “un costante monitoraggio ed una maggiore vigilanza rispetto all’emergenza di nuovi ceppi virali di origine zoonotica“.

Con buona pace delle versioni “complottiste” che vengono propinate su molti Media.

Privacy. Il datore di lavoro può richiedere ai propri dipendenti di effettuare test sierologici solo se disposto dal medico competente o da altro professionista sanitario in base alle norme relative all’emergenza epidemiologica. Solo il medico del lavoro infatti, nell’ambito della sorveglianza sanitaria, può stabilire la necessità di particolari esami clinici e biologici

In altre parole nessuna manipolazione, intenzionale o accidentale. Solo “evoluzione”!

BIBLIOWEB:

Covid-19, test sierologici sul posto di lavoro -  chiarimenti del Garante privacy, 14 maggio 2020 – Garante della Protezione dei Dati Personali (in PDF allegato) https://www.garanteprivacy.it/web/guest/home/docweb/-/docweb-display/docweb/9343635
Guglielmi G. First CRISPR test for the coronavirus approved in the United States. Nature, 8 maggio 2020. https://www.nature.com/articles/d41586-020-01402-9 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32385368
Petherick A. Developing antibody tests for SARS-CoV-2. Lancet 2020;4:1101-1102 https://www.thelancet.com/pdfs/journals/lancet/PIIS0140-6736(20)30788-1.pdf
Matricardi P.M., Dal Negro R.W., Nisini R. – The first, comprehensive immunological model of COVID-19: implications for prevention, diagnosis, and public health measures. Pediatric Allergy and Immunology, https://www.preprints.org/manuscript/202004.0436/v1
Meng Yuan, Nicholas C. Wu, Xueyong Zhu, et al. A highly conserved cryptic epitope in the receptor binding domains of SARS-CoV-2 and SARS-CoV. Science  08 May 2020: Vol. 368, Issue 6491, pp. 630-633 https://science.sciencemag.org/content/368/6491/630/tab-pdf
Cyranovski D. Profile of a killer: the complex biology powering the coronavirus pandemic – Nature https://www.nature.com/articles/d41586-020-01315-7
Cyranovski D. Identikit di un assassino: i complessi meccanismi biologici di SARS-CoV-2. Reprint Le Scienze, 8 maggio 2020 https://www.lescienze.it/news/2020/05/08/news/sars-_cov-2_biologia_meccanismi_origine_mutazioni-4725140/
Covid 19 Test sierologici  http://newmicro.altervista.org/?p=7319
Dal Dire al Fare http://newmicro.altervista.org/?p=7308
COVID-19 Il silenzio degli innocenti http://newmicro.altervista.org/?p=7288
Ancora Covid 19 http://newmicro.altervista.org/?p=7213
COVID-19 Test di Laboratorio http://newmicro.altervista.org/?p=7193
Coronavirus, Mascherine e Immunodepressi http://newmicro.altervista.org/?p=7169

 Developing antibody tests for SARS-CoV-2 – Laboratories and diagnostic companies are racing to produce antibody tests, a key part of the response to the COVID-19 pandemic.   TheLancet,  April 4, 2020 (Pdf)

 Un Click per Leggere

 Covid-19, test sierologici sul posto di lavoro: i chiarimenti del Garante privacy, 14 ,maggio 2020 (Pdf)

 Un Click per Leggere



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