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Microbiologia gastroenterologica: è ancora un enigma?

(Last Updated On: 30 giugno 2018)

L’approccio microbiologico alla diagnostica delle sindromi gastroenteriche è oggi forse più complesso del solito. Lo condizionano tre metriche, rispettivamente culturale, organizzativa e metodologica: l’attualità del Microbiome project, il modello di consolidamento Hub&Spoke e la Liquid Based Microbiology – LBM. Soprattutto nella fase preanalitica le variabili sono critiche. E’ quanto emerge dalla presentazione di un modello diagnostico, quello di Trento, durante il convegno NewMicro del 26 maggio u.s., a Mogliano Veneto.

Il focus è posto sulla Preanalitica e non a caso: in questa fase si registra il 70% degli errori diagnostici. La complessa codifica di criteri di conformità impone l’adozione di protocolli, in stretta collaborazione cogli operatori del territorio ed i clinici di reparto, finalizzati all’appropriatezza, cioè all’ottenimento di un risultato analitico in grado di migliorare l’outcome clinico del paziente.

In Medicina di Laboratorio la microbiologia ha delle peculiarità ed una di queste è proprio la forte influenza della fase preanalitica. La determinazione dell’agente patogeno è infatti condizionata da interazioni, non facilmente interpretabili, tra ambiente, uomo e microrganismi. Durante il convegno, è emersa una raccomandazione fondamentale: gli esami microbiologici su campioni di feci sono da eseguirsi solo quando si ha un forte sospetto (clinico-anamnestico) di diarrea infettiva (diarrea acuta, protratta, del viaggiatore o associata a un possibile evento epidemico) ed in presenza di sangue e/o muco.

Nel protocollo adottato a Trento, il Prerequisito “assoluto” delle indagini microbiologiche sulle feci, è rappresentato dall’esame microscopico a fresco per leucociti ed emazie, avendo come standard di riferimento la Bristol Stool Chart. Questa scelta operativa ha nette ricadute. Per esempio non è indicato eseguire esami microbiologici, ricerche virali e di C. difficile in campioni di feci formate: gli unici campioni idonei sono i tipi 5-7 della Bristol Stool Chart (feci diarroiche, che assumono la forma del contenitore). Vengono riconosciute solo alcune eccezioni (da motivare comunque sulla richiesta): la valutazione di portatori sani e/o il follow-up della terapia.

Altro pre-requisito: l’unicità del campione. Solo per l’esame parassitologico viene prevista l’utilità di più campioni. Storicamente critica anche l’indicazione della modalità di raccolta e conservazione delle feci. Il tempo di consegna deve essere di 2 ore al massimo, con possibilità di conservazione a 4-6°C per non più di 24 ore (in soluzione salina tamponata, terreno di trasporto Carey-Blair/Stuart-Amies). Oltre tale limite i campioni andrebbero mantenuti a – 70°C.

Altri suggerimenti: nei soggetti Istituzionalizzati (ospedale, RSA, ADI protetta) per un periodo > 3 gg e/o terapia antibiotica anche solo pregressa, è indicata la sola ricerca di C. difficile; i campioni fecali per i test molecolari sono da raccogliere in contenitori sterili; il tampone rettale può avere ben poche indicazioni: portatori sani, screening di farmacoresistenza, ricerca di S. agalactiae o N. gonorrhoeae.

Alle sonde floccate (elemento base della “Liquid Based Microbiology” o microbiologia quantitativa), viene riconosciuto un ruolo solo “ aggiuntivo”, sia per la ricerca di antigeni e acidi nucleici sia per i test colturali. Appare evidente la priorità assegnata alla selezione preliminare, di idoneità, del campione “naif”.

Il protocollo (applicato dal giugno 2015) ha avuto un impatto misurato attraverso due indicatori: la percentuale di campioni non idonei (quindi non processati) e la percentuale di risultati positivi per Salmonella e Campylobacter, rilevati per paziente. A parità sostanziale di campioni analizzati, 3799 nel 2014 (cioè prima dell’adozione del protocollo) e 3762 nel 2017, i campioni non idonei sono scesi dal 29.6% del 2015 al 7,20% del 2017; i pazienti Positivi per Salmonella spp sono saliti dal 1.21% del 2014 al 1.80% del 2017 ed i Positivi per Campylobacter spp dal 1.60% del 2014 al 2.95% del 2017.

L’adozione del protocollo, pur con le strettoie dovute a tempi e modi legati allo screening microscopico/anamnestico iniziale, ha vantaggiosamente condotto alla riduzione progressiva della percentuale dei campioni non idonei, con parallelo aumento dell’efficacia diagnostica.

La lettura della documentazione, allegata in PPT-FlipBook, rende ancora più evidente l’impatto operativo del paradigma sperimentato a Trento. Rievocare i tentativi di standardizzazione dei CUMITECH degli anni 70 appare doveroso: le difficoltà poste dalla diagnostica intestinale, almeno per ora, non risultano risolte o semplificate dalla decifratura del corposo microbioma intestinale.

Qualcosa di più forse arriverà dalla più ampia interpretazione fenotipica del Microbiota.

BIBLIOWEB:

UK Standards for Microbiology Investigations Gastroenteritis and Diarrhoea – Issued by the Standards Unit, Microbiology Services, PHE Syndromic S 7 Issue no: 1 Issue date: 23.12.2013
https://www.gov.uk/government/collections/standards-for-microbiology-investigations-smi
http://www.apsi.it/public/ufiles/smi/s7_1_en_131223.pdf
https://www.gov.uk/guidance/uk-standards-for-microbiology-investigations-smi-quality-and-consistency-in-clinical-laboratories
ACG Clinical Guideline: Diagnosis, Treatment, and Prevention of Acute Diarrheal Infections in Adults. The American Journal of GASTROENTEROLOGY, VOLUME 111 | MAY 2016 http://gi.org/wp-content/uploads/2016/05/ajg2016126a.pdf
www.amjgastro.com
Daniel McDonald,Embriette Hyde, Justine W. Debelius, James T. Morton, Antonio Gonzalez, Gail Ackermann et al. American Gut: an Open Platform for Citizen Science. Microbiome Research May/June 2018 Volume 3 Issue 3 https://doi.org/10.1128/mSystems.00031-18
Innovazione ed appropriatezza nei nuovi percorsi diagnostici http://newmicro.altervista.org/?p=4129